Tandis que la guerre des clones ravage la galaxie, Anakin Skywalker et son nouveau Padawan Ahsoka Tano embarquent pour une mission périlleuse : secourir le fils du seigneur du crime, Jabba le Hutt, qui a été kidnappé. Le renégat Comte Dooku, aidé de l'assassin Asaji Ventress, est lui déterminé à entraver cette mission aux lourdes conséquences. Pendant ce temps, sur le front, Obi-Wan Kenobi et Maître Yoda, à la tête de l'armée des Clones, affrontent vaillamment l'armée des droïdes et résistent aux forces du mal…