Chaque jour dans notre pays, mouvements terroristes et services de renseignements se livrent une guerre sans merci au nom d'idéologies que tout oppose. Pourtant, terroristes et agents secrets mènent presque la même vie. Condamnés à la clandestinité, ces stratèges de la manipulation obéissent aux mêmes méthodes. Alex et Al Barad sont deux d'entre eux. A la tête du contre-espionnage opérationnel de la DGSE pour l'un et d'un réseau islamiste pour l'autre, ils s'affrontent en s'autorisant toutes les armes dont les plus redoutables : les êtres humains. Secret défense suit leur guerre secrète à travers les destins de Diane, une jeune étudiante qui intègre les services secrets français, et de Pierre, un paumé, qui croit trouver son salut dans l'islamisme radical. Recrutés, formés, endoctrinés pour des missions qui les dépassent, ils sont tous deux pris dans un engrenage auquel ils ne semblent pas pouvoir échapper. Seront-ils tous deux sacrifiés au nom de leurs 'nobles' causes ?