A peine revenus sur Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains réunis par Rayden, déchantent : le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent... La victoire au Mortal Kombat devait protéger l'humanité pour une génération. Shao-Kahn, l'empereur d'Outremonde, n'aurait pas dû pouvoir envahir la Terre à nouveau : il a donc triché ! Il reste peu de temps aux guerriers de Rayden pour se préparer et empêcher la destruction finale...