En 1999, la centrale nucléaire de Janjira fut mystérieusement détruite, entraînant de nombreuses pertes dont l'épouse et collègue du superviseur Joe Brody. Des années plus tard, Brody fait équipe avec son fils, officier de la Navy, sur les lieux mêmes de la catastrophe, afin de découvrir la vérité sur cet accident. Ils sont alors témoins du réveil de terribles menaces contre l'Humanité, menaces que seul la non moins terrible créature Godzilla pourrait contrer…